射频标签与读写器之间交换的是数据， 由于采用无接触方式通信， 还存在一个空间无线信道。因而，射频标签与读写器之间的数据交换构成的是一个无线数据通信系统。在这样安全的数据通信系统模型下，射频标签是数据通信的一方，读写器是通信的另一方。要实现安全、可靠、有效的数据通信目的，数据通信的双方必须遵守相互约定的通信协议。没有这样一个通信双方公认的基础，数据通信的双方将互相听不懂对方在说什么，步调也无从协调一致，从而造成数据通信无法进行。
RFID 标准协议主要是由 ISO 与国际电工委员会（IEC）联合制定的。按频段不同大致分为三种：
ISO14443
ISO15693
ISO 18000-6(EPC G2)
ISO/IEC14443 协议又分成两种即 14443a，14443b。它们是近距离读取协议。标签读写距离 0～10cm 。a 与 b 的主要差别在于二者调制、编码和反碰撞方式的不同。
14443a 优点是抗干扰能力强但是电源稳定性差，主要运用于交通领域、城市建设等。
14443b 优点是电源稳定性好，高安全性，但是相对易受外界环境干扰；我国第二代身份证即采用该标准。
ISO15693 是远距离读取协议。 标签读写距离 0～100cm
ISO 18000-6C(EPC G2) 是UHF读取协议，标签读写距离 0～1000cm。ISO 18000-6C(EPC G2)协议是目前中远距离运用最普遍的协议。